主要从事神经干细胞的增殖和分化研究，以及非神经细胞到神经细胞的重编程和转分化研究。
1. 研究表观遗传分子调控调控神经干细胞的增殖和神经元产生机制。已有的研究表明某些表观遗传分子参与调控神经干细胞的产生、增殖、分化，但对哪些表观遗传分子如何参与这一过程并不清楚。我们主要研究一个表观遗传分子-组蛋白甲基转移酶Dot1L（H3K79 Methyltransferase）如何调控神经干细胞的增殖和分化。另外，对另外一个表观遗传分子-组蛋白甲基转移酶Ezh2 （H3K27 methyltransferase）进行研究。体外通过增殖以及分化实验进行表观遗传分子调控神经干细胞的机制研究，同时借助基因敲除或条件性基因敲除小鼠进行体内研究。
2. 研究miRNAs对神经干细胞增殖分化的影响。对不同的神经细胞进行miRNAs芯片分析，筛选差异表达的miRNAs。然后通过过表达或抑制实验，以及靶蛋白预测实验，研究miRNAs是如何参与调控神经干细胞的发育分化。
3. 研究从非神经细胞到神经元的转分化 。
正在研究从非神经细胞到神经元的转分化。我们正在尝试不同转录因子的组合是否将成纤维细胞转分化为神经元；另外正在探索非整合病毒体系是否将非神经细胞转分化为神经元。
国家重大基础研究计划项目，中科院干细胞项目，百人计划项目等。
2018年8月3日，国家自然科学基金委员会公布2018年度国家杰出青年科学基金建议资助项目申请人名单，其中焦建伟研究领域的《脑发育与疾病机理研究》项目在2018年度国家杰出青年科学基金建议资助项目申请人名单内。
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Shi Z, Zhang J, Chen S, Li Y, Lei X, Qiao H, Zhu Q, Hu B, Zhou Q, Jiao J*. Conversion of Fibroblasts to Parvalbumin Neurons by One Transcription Factor, Ascl1, and the Chemical Compound Forskolin
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