1982年，毕业于北京电影学院美术系，后分配到童影厂任美工。
1990年，编导灾难片《大气层消失》，获得第11届中国电影金鸡奖导演特别奖。同年，执导战争片《战争子午线》，在描述战争时态孩子们的生活时采用传统的写实手法，揭示了战争与人性的关系，获得第11届中国电影金鸡奖导演特别奖。
1992年，拍摄历史剧《北洋水师》，该剧获得“飞天奖”最佳电视剧奖。同年，执导电影单本剧《大风警报》，该片获得飞天奖银奖。1993年，执导战争剧《大空战》。
1995年，冯小宁独自在大爆炸失火中抢救了一名孩子的生命而获得通令嘉奖。同年，获得广电部十大杰出青年称号。
1996年，执导以20世纪初的西藏为背景的剧情片《红河谷》，获得中国电影“华表奖”优秀故事片奖，冯小宁则获得优秀导演奖。
1998年，执导战争历史片《黄河绝恋》，该片获得华表奖、金鸡奖最佳影片、最佳特技奖。1999年，获得获第一届全国德艺双馨艺术家称号。
2001年4月，执导由富大龙、前田知惠、安娜·捷尼拉洛娃联袂主演的战争片《紫日》，该片获得第5届上海国际电影节金爵奖最佳影片、第21届中国电影金鸡奖最佳影片。
2002年8月，执导由鄂布斯、刘薇搭档主演的历史战争片《嘎达梅林》，该片获得华表奖、骏马奖最佳影片奖。2003年，获得中国政府颁发的“中国环境大使”称号。同年，执导由郭达、潘长江合作主演的喜剧片《举起手来！》。
2004年，拍摄改编自作家何建明报告文学的剧情片《信天游》。2006年，执导由胡军、剧雪搭档主演的古装历史片《朱元璋》。
2007年，执导由周里京、刘小微、鄂布斯联袂主演的剧情片《青藏线》，该片作为2007年国庆节以及庆祝“十七大”召开的献礼片。同年，获得获第二届全国德艺双馨艺术家称号。此外，获得获联合国环境署和中国政府颁发的“绿色中国”十大年度人物称号。
2008年，获得国家广电总局抗震救灾五一劳动奖章。10月，执导以中国浙江温州登陆的超级台风“桑美”为素材的灾难片《超强台风》，获得第21届东京国际电影节大奖提名。
2009年，执导由李东翰、张一山、蒋小涵联袂主演的运动片《篮球公园》。2010年，为庆祝抗战胜利65周年，执导由潘长江主演以抗战为背景的喜剧片《举起手来（之二）追击阿多丸》。
2012年，自编自导历史战争片《一八九四·甲午大海战》，该片由陆毅、夏雨合作主演，获得第15届上海国际电影节电影频道传媒大奖最佳影片奖。
2013年，冯小宁执导由李正、刘小微领衔主演的剧情片《落经山》。
2021年5月15日，执导的红色青春电影《永远是少年》全国公映。
冯小宁
冯小宁有一个爱好，那就是收藏军品。在他家墙上挂着的和桌上摆着的有自20世纪30年代的各类手榴弹、炮弹、弹片、军刀，以及飞机、坦克、军舰、大炮等模型。
家庭情况
冯小宁的爷爷冯亮功，1923年在唐山铁道学院上大学时加入中国共产党，任支部书记，1927年后转到江西，第五次反围剿中牺牲于宁都；叔爷冯树功，曾是居里夫人的学生，回国后在燕京大学专攻核物理，1937年日军占领北平，他因拒绝去日本为日军研制核武器，被日军残杀于燕京大学门口。
冯小宁的外公傅种孙，是中国数学家、教育家，1923年与鲁迅、李大钊等共为北京女子师范大学教授。解放后任北京师范大学校长、数学系主任，是华罗庚的老师。1957年被打为右派，1963年在忧郁中去世。
冯小宁的父亲冯雨荪，为北京石油学院炼制系副主任，学生中就有后来的国务院副总理吴仪。1957年被打为右派，1967年惨死于文化大革命，年仅44岁。
冯小宁属于“第五代”导演，但美工出身的他较另类，作品类型非常多变：早期的《大气层消失》融合科幻和环保色彩，《战争子午线》呈现反战态度；后期《红河谷》《黄河绝恋》尝试将商业和主旋律融合，《举起手来》系列则走的是喜剧路线（新浪娱乐评）。