2019年1月，邓超元以少城时代练习生的名义，参加爱奇艺青年励志综艺节目《青春有你》。2月，在第四期节目中，凭借《Dream》获得第一次舞台公演现场投票第一名；同月，参加游戏类互动综艺节目《青春艺能学院》。4月5日，获得《青春有你》总决赛排名第13位。4月30日，发行首支音乐单曲《Super Talk》。7月2日，其参加的腾讯视频全明星篮球竞技真人秀节目《超级企鹅联盟Super3:星斗场》首播。7月12日，发行个人第二支音乐单曲《燃亮的光》。10月，主演青春校园剧《我凭本事单身》，饰演秦深。12月1日，出席第2届海南岛国际电影节开幕式，参与演唱歌曲《海南海南》。12月，主演青春校园剧《夏夜知君暖》，饰演君夜。
2020年1月，获得由中国国际文化传播中心，亚洲音乐盛典组委会主办的2019亚洲新人榜年度盛典“年度最佳新人歌手奖”。3月14日，白色情人节当天发行个人第三支音乐单曲《别忘了我》。
2021年8月10日，特别出演的怀旧暖心轻喜剧《亲爱的爸妈》在北京卫视播出，在剧中饰演季风/谢思彬；12月8日，主演的都市爱情剧《人海之中遇见你》在优酷视频播出；参演电影《我们的新生活》。
2022年1月30日，参加《2022川渝春节联欢晚会》。
2021年5月8日，赵尧珂发长文控诉邓超元与其他女生暧昧，并发出了多张聊天记录，揭露邓超元真实性格。据赵尧珂所说，两人恋情已满半年，而此前有狗仔拍到两人玩密室逃脱。